Sistem dan pelaksanaan tata kelola di UPPS yang menggambarkan adanya (1) perencanaan, (2) pengorganisasian, (3) pemilihan dan penempatan personel, (4) pelaksanaan, (5) pemantauan dan pengawasan, (6) pengendalian, (7) penilaian, (8) pelaporan, dan (9) pengembangan sebagai wujud tindak lanjut evaluasi tata kelola secara periodik.

Perencanaan

Perencanaan (planning). Perencanaan  yang dilakukan STAI Sunan Pandanaran mengacu pada visi, misi, tujuan, dan sasaran  yang dituangkan dalam bentuk renstra, baik STAI Sunan Pandanaran maupun program studi-program studi yang mencakup aspek tri dharma perguruan tinggi, kemahasiswaan dan alumni. Sumber Daya Manusia (SDM), keuangan sarana prasarana. Oleh sebab itu, STAI Sunan Pandanaran  menggunakan sistem perencanaan tertulis yang dikembangkan dengan aspirasi program studi. Hal ini memungkinkan terwujudnya rencana kerja yang holistik dan realistik.  Pada bidang anggaran, perencanaan dilakukan secara bottom up, dari usulan prodi-prodi sesuai kebutuhan, dan berbasis akreditasi. Pihak STAI Sunan Pandanaran  dalam hal ini wakil Ketua I, Wakil Ketua II, Wakil Ketua III, Kapala LPP, LPM, LP2M, kabag  keuangan,  bendahara, kemudian juga para ketua dan sekretaris prodi, serta para kepala Laboratorium bersama-sama dengan Ketua  mendiskusikan usulan anggaran tersebut berdasarkan prioritas kebutuhan, ketercukupan anggaran, dan rasio jumlah dosen dan mahasiswa di masing-masing prodi. Setelah beberapa kali rapat koordinasi, anggaran dirumuskan dalam Rencana Kerja dan Anggaran. 

Pengorganisasian

Pengorganisasian,  diimplementasikan  pimpinan Ketua STAI Sunan Pandanaran dengan melakukan koordinasi melalui garis instruksi maupun garis koordinasi dalam rangka distribusi kewenangan pada pengelolaan akademik dan non akademik bersama wakil ketua I, wakil ketua II, wakil ketua III, kepala Pusat Administrasi, kepala LPP, kepala LPM, kepala LP2M, ketua program studi dan kepala laboratorium, hal ini dilakukan agar tugas yang telah dibebankan pada masing-masing unit kerja tersebut tidak terjadi overlapping atau tumpang tindih dalam setiap kebijakan yang akan diambil. Pelimpahan tugas administrasi misalnya, sepenuhnya diserahkan pada kepala kepala Pusat Administrasi sehingga pelaksanaan pekerjaan dapat berjalan tertib, efektif dan efisien. STAI Sunan Pandanaran dalam menjalankan kegiatannya mempunyai struktur organisasi yang sangat jelas.

Pemilihan dan Penempatan Personil

Pemilihan dan Penempatan personil.  Dalam menjalankan tugas dan fungsi  organisasi, dibutuhkan sumber daya pendukung, di mana masing-masing bagian organisasi diisi dengan personalia yang memenuhi kualifikasi dan persyaratan tertentu, dengan fungsi, wewenang dan tugas pokok yang jelas dan sesuai dengan bidang tugasnya. Dalam merencanakan personil yang terdiri dari tenaga pendidik dan tenaga kependidikan dilakukan dengan melihat keahlian dan keterampilan yang dimiliki. Pembinaan kepegawaian (dosen dan tenaga kependidikan) di koordinir langsung ketua STAI Sunan Pandanaran dengan dibantu secara penuh oleh wakil ketua II melalui pelaksanaan job deskripsi memantau pelaksanaan tugas dan pekerjaan Unit terkait yang diuraikan dalam tugas pelaksanaan penyelenggaraan bidang perencanaan, dan pengelolaan, serta pembinaan tenaga administrasi dan hubungannya dengan bidang perencanaan, pengelolaan keuangan dan lain-lain. Selain itu, Ketua STAI Sunan Pandanaran juga memberdayakan Dosen Tetap untuk membantu tugas-tugas administrasi melalui surat tugas penempatan di unit organisasi yang berada di STAI Sunan Pandanaran, penempatan ini di samping melihat latar belakang keilmuan juga kebutuhan masing-masing  unit.

Pelaksanaan

Pelaksanaan. Pelaksanaan tata kelola STAI Sunan Pandanaran  dilakukan oleh pimpinan Ketua dengan memberikan arahan, motivasi, dan melakukan komunikasi kepada seluruh bagian organisasi dan unit kerja yang ada di STAI Sunan Pandanaran untuk mencapai visi, misi, tujuan dan sasaran. Pelaksanaan ini juga merujuk pada Pedoman tata pamong dan tata kelola. Dalam implementasinya Ketua STAI Sunan Pandanaran melaksanakan Pengelolaan kegiatan Pendidikan, penelitian, dan Pengabdian kepada Masyarakat dengan melibatkan stakeholder yang ada, serta didukung oleh sumber daya manusia yang ada di STAI Sunan Pandanaran.

Pemantauan dan Pengawasan

Pemantauan dan pengawasan. Sistem pengawasan STAI Sunan Pandanaran dilaksanakan melalui audit internal yang dilakukan oleh Lembaga Penjaminan Mutu (LPM). Proses pengawasan dilakukan dengan audit internal dan eksternal tentang implementasi standar manajemen mutu STAI Sunan Pandanaran. Pengawasan tenaga akademik dilakukan oleh wakil ketua II melalui laporan kinerja pada Beban Kerja Dosen (BKD), masing-masing dosen yang meliputi laporan Tri Dharma perguruan tinggi. Controlling bidang keuangan dilakukan oleh Satuan Pengawas Internal (SPI). Sistem pengelolaan di atas tertuang dalam Standar Operasional Prosedur (SOP) dan Buku Pedoman Akademik STAI Sunan Pandanaran  yang dirujuk dari Rencana Strategis (Renstra)  dan Rencana Operasional (Renop). Pengawasan eksternal terkait pelayanan akademik dilakukan oleh DIKTI melalui PD Dikti serta Badan Akreditasi Nasional Perguruan Tinggi (BAN PT) dan atau Lembaga Akreditasi Mandiri Pendidikan.

Pengendalian

Pengendalian. Ketua STAI Sunan Pandanaran rutin melakukan rapat pimpinan yang melibatkan para wakil ketua, kepala LPP, LPM, LP2M  dan para ketua program studi, hal ini dilakukan untuk melihat capaian kinerja di masing-masing unit dan evaluasi dari setiap kegiatan dan pelayanan akademik yang diberikan oleh masing-masing unit kerja tersebut. Selain itu setiap ada kegiatan yang melibatkan unsur prodi  atau kegiatan yang akan dilakukan STAI Sunan Pandanaran juga dilakukan dengan rapat-rapat yang sifatnya terbatas, hal ini untuk memastikan semua kegiatan yang akan dilaksanakan dapat terlaksana dengan baik. Secara real time Ketua STAI Sunan Pandanaran selalu mengendalikan semua aktivitas akademik dan non akademik melalui grup WhatsApp di antara pimpinan.

Penilaian

Dilaksanakan melalui evaluasi standar mutu yang dilakukan dengan Audit Mutu Internal yang pelaksanaan setahun sekali, proses audit dilakukan oleh auditor menggunakan instrumen audit berupa lembar penilaian auditor.  Hasil audit dibukukan dalam bentuk Laporan Mutu Internal.

Pelaporan

Untuk tertib administrasi dan keperluan evaluasi, maka Ketua STAI Sunan Pandanaran meminta setiap unit kerja untuk membuat laporan kegiatan sebagai bentuk pertanggung jawaban. Hal ini dilakukan untuk memenuhi kebutuhan pelaporan pada saat audit mutu. Selain itu, dalam rangka memastikan capaian kinerja berjalan efektif efisien, terutama dalam penggunaan anggaran operasional, Ketua STAI Sunan Pandanaran memberikan laporan kepada Yayasan dalam Rapat Kerja.

Pengembangan

Pengembangan. Sebagai bentuk tindak lanjut dari setiap kegiatan yang dilakukan, maka perlu upaya pengembangan dari STAI Sunan Pandanaran yaitu: terus melakukan inovasi dan berkolaborasi dengan berbagai pihak, menjalin kemitraan dalam dan luar negeri. Pengembangan juga dilakukan dengan melakukan pendampingan maupun pelatihan tendik.